Data ophalen

Data ophalen#

Compositie laden#

We kunnen door gebruik te maken van de compositie ID die we net hebben teruggekregen ook direct weer de data ophalen uit openEHR. De openEHR API in EHRBase biedt hier een endpoint voor, maar deze Compositie ophalen met /rest/openehr/v1/ehr/{ehr_id}/composition/{versioned_object_uid}

_images/composition-get-bruno.png

Fig. 27 Composities ophalen in Bruno.#

_images/composition-get-swagger.png

Fig. 28 Composities ophalen in de Swagger UI. Let op: via de Swagger UI kan je alleen XML ophalen, dit komt omdat de header altijd accept: application/xml meekrijgt.#

import requests

ehr_id = ""
composition_uid = ""
url = f"http://localhost:8080/ehrbase/rest/openehr/v1/ehr/{ehr_id}/composition/{composition_uid}

querystring = {"format":"FLAT"}

response = requests.get(url, params=querystring)

print(response.json())

Zie https://docs.ehrbase.org/docs/EHRbase/openEHR-Introduction/Load-Data#ehrbase-client-library

Opdracht

Haal de compositie uit de vorige stap weer op door gebruik te maken van de openEHR API, probeer de compositie op te halen in json, xml, en FLAT format.

AQL#

Om uitgebreidere zoekopdrachten te doen moeten we gebruik maken van de Archetype Query Language. Deze taal lijkt veel op SQL, maar is specifiek gemaakt om openEHR queries mee te schrijven. We kunnen op elk niveau van een EHR queries gebruiken, bijv. op het niveau van een EHR, op mappen, specifieke composities, of voor specifieke archetypes. Er kan ook gefilterd worden op waarden uit elk niveau. AQL is wel heel verbose, daarom is het het beste om een editor te gebruiken die dit kan ondersteunen. Voor de simpele queries die we vandaag zullen doen hebben we echter geen editor nodig.

Hieronder zie je een voorbeeld uit de documentatie van openEHR https://specifications.openehr.org/releases/QUERY/latest/AQL.html#_aql_example

SELECT                                                       -- Select clause
   o/data[at0001]/.../items[at0004]/value AS systolic,       -- Identified path with alias
   o/data[at0001]/.../items[at0005]/value AS diastolic,
   c/context/start_time AS date_time
FROM                                                         -- From clause
   EHR[ehr_id/value=$ehrUid]                                 -- RM class expression
      CONTAINS                                               -- containment
         COMPOSITION c                                       -- RM class expression
            [openEHR-EHR-COMPOSITION.encounter.v1]           -- archetype predicate
         CONTAINS
            OBSERVATION o [openEHR-EHR-OBSERVATION.blood_pressure.v1]
WHERE                                                        -- Where clause
   o/data[at0001]/.../items[at0004]/value/value >= 140 OR    -- value comparison
   o/data[at0001]/.../items[at0005]/value/value >= 90
ORDER BY                                                     -- order by datetime, latest first
   c/context/start_time DESC

Zoals je ziet ondersteund AQL een aantal standaard clauses die redelijk bekend moeten overkomen. De paden die gebruikt worden zijn echter wel heel specifiek voor openEHR. Daarnaast ondersteunt AQL nog veel meer functies en operators. Kijk voor meer informatie in de documentatie

Voorbeeld queries#

Om alle EHR IDs uit de database op te halen kan men de volgende query gebruiken:

SELECT e/ehr_id/value
FROM EHR e

Hiervoor moeten we een POST maken naar de /rest/openehr/v1/query/aql endpoint. In de body van de request geven we dan de query mee:

{
"q": "SELECT e/ehr_id/value FROM EHR e"
}

Om alle composities op te halen die we net hebben gepost met hun respectievelijke EHR IDs kunnen we de volgende query gebruiken:

SELECT e/ehr_id/value, c/uid/value 
FROM EHR e 
    CONTAINS COMPOSITION c 
WHERE 
    c/name/value = 'workshop-example'

Om specifieke velden op te halen moet de at-codes gebruikt worden. Deze zijn het makkelijkst op te zoeken in Archetype Designer door te klikken op de waarde die je wil gebruiken en dan naar de Details tab te gaan. Onder pad staat dan de waarde die je kan gebruiken, bijvoorbeeld voor systolische/diastolische druk:

SELECT
    o/data[at0001]/events[at0006]/data[at0003]/items[at0004]/value as systolic,
    o/data[at0001]/events[at0006]/data[at0003]/items[at0005]/value as diastolic,
    c/context/start_time/value as creation_time
FROM COMPOSITION c
CONTAINS OBSERVATION o[openEHR-EHR-OBSERVATION.blood_pressure.v2]
LIMIT 5

Opdracht

Maak een API call naar de Query endpoint en probeer een aantal AQL queries. Probeer in ieder geval de bovenstaande queries en minimaal één datapunt uit een andere observation. Probeer ook de ORDER BY clause te gebruiken. Hoe kun je op meerdere observaties selecteren?